VCCI kiến nghị Thủ tướng 6 giải pháp cấp bách tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp, khơi thông thị trường xuất khẩu nông sản

Theo VCCI, các doanh nghiệp trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản đang gặp nhiều khó khăn nghiêm trọng, ảnh hưởng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh và thị phần xuất khẩu.

Sau hơn ba tháng thực hiện Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15, các doanh nghiệp trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản đang gặp nhiều khó khăn nghiêm trọng, ảnh hưởng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh và thị phần xuất khẩu.

Trước tình hình đó, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính, tổng hợp ý kiến từ hơn 300 đại biểu tham dự Hội thảo đối thoại chính sách thuế ngày 09/10/2025 tại Hà Nội, nêu 5 nhóm khó khăn lớn và 6 kiến nghị giải pháp cấp bách nhằm tháo gỡ vướng mắc cho cộng đồng doanh nghiệp.

5 nhóm khó khăn lớn đang “chặn dòng tiền” doanh nghiệp

Theo VCCI, khó khăn lớn nhất là gánh nặng ứng vốn và mất lợi thế cạnh tranh do thuế suất 5% áp cho hàng nông sản sơ chế.

Cụ thể, theo Điểm d, Khoản 2, Điều 9 của Luật Thuế GTGT, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” bị áp thuế 5%. Tuy nhiên, phần lớn hàng nông sản như tôm, cá, cà phê, hồ tiêu, điều hay gỗ nguyên liệu chỉ qua các công đoạn bóc vỏ, phơi, xát, sấy — những bước không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất.

VCCI cho rằng quy định này chưa phản ánh đúng bản chất của thuế GTGT, vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất – kinh doanh.

Cơ chế “thu trước – hoàn sau” đang khiến doanh nghiệp phải ứng trước lượng vốn khổng lồ, trong khi lợi nhuận biên của ngành chỉ 1%–3%.

Chẳng hạn, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, còn ngành hồ tiêu phải ứng trước 85 triệu USD, khiến giá xuất khẩu tăng, làm hàng Việt Nam mất lợi thế so với Brazil, Indonesia và Ấn Độ, nơi hàng nông sản sơ chế được miễn hoặc áp thuế 0%.

Khó khăn thứ hai là thủ tục hoàn thuế phức tạp, kéo dài và rủi ro pháp lý cao.

Nhiều doanh nghiệp bị kéo dài thời gian hoàn thuế hàng tháng, thậm chí bị từ chối vì lỗi thuộc về nhà cung cấp. Quy định mới yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi bên bán đã kê khai và nộp thuế được xem là chuyển giao trách nhiệm bất hợp lý.

Thêm vào đó, quy định giới hạn mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu làm giảm tính thanh khoản, đặc biệt với các doanh nghiệp thu mua tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải, khiến nguồn vốn bị “đóng băng”.

Khó khăn thứ ba là thiếu thống nhất trong áp thuế nguyên liệu thức ăn chăn nuôi.

Dù Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi không chịu thuế, nhưng nhiều địa phương vẫn áp 5% với nguyên liệu như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá... Cách hiểu này không thống nhất với Luật Chăn nuôi và Thông tư 21/2019/TT-BNNPTNT, làm tăng chi phí, giảm khả năng cạnh tranh và hạn chế tiêu thụ nguyên liệu trong nước.

Khó khăn thứ tư là thiếu hướng dẫn pháp lý cho mô hình hộ nông dân nhỏ lẻ.

Phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ hộ cá thể – những người không thể xuất hóa đơn VAT, khiến doanh nghiệp khó chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ, hoàn thuế. Việc yêu cầu truy xuất đến từng hộ dân là bất khả thi, đặc biệt trong các ngành có chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.

Khó khăn thứ năm là rủi ro pháp lý và bất bình đẳng trong hệ thống xử lý thuế.

Nhiều doanh nghiệp bị liên đới trách nhiệm vì nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chưa thực hiện nghĩa vụ thuế, dù đã thanh toán hợp pháp. Tình trạng này làm ảnh hưởng uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh thị trường EU yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR).

Ngoài ra, mức xử phạt hành chính hiện nay (từ 5 đến 8 triệu đồng) áp dụng cả với lỗi kỹ thuật nhỏ, tạo áp lực không đáng có cho doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi.

Diễn đàn Doanh nghiệp 2025 do VCCI tổ chức

6 nhóm giải pháp cấp bách khơi thông dòng vốn và thúc đẩy thị trường xuất khẩu nông sản

Trên cơ sở tổng hợp ý kiến từ doanh nghiệp và hiệp hội ngành hàng, VCCI đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét 6 giải pháp trọng tâm sau:

Thứ nhất, rà soát, sửa đổi phạm vi chịu thuế GTGT đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.

VCCI đề nghị khôi phục quy định “không phải kê khai, tính thuế” như tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP, đồng thời giao Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì xây dựng danh mục cụ thể các loại “sản phẩm sơ chế thông thường” để đảm bảo thống nhất thực hiện.

Thứ hai, cải cách thủ tục hoàn thuế GTGT, hướng tới mô hình hoàn thuế tự động cho hồ sơ hợp lệ, tương tự như Ấn Độ. Đồng thời, cần phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để xác thực nhanh, minh bạch.

Thứ ba, bỏ điều kiện hoàn thuế phụ thuộc việc kê khai và nộp thuế của nhà cung cấp, bởi trách nhiệm này thuộc về cơ quan thuế, không thể chuyển cho người mua.

VCCI kiến nghị 6 nhóm giải pháp cấp bách khơi thông dòng vốn và thúc đẩy thị trường xuất khẩu nông sản

Thứ tư, ban hành hướng dẫn pháp lý đặc thù cho giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân nhỏ lẻ, cho phép sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn (theo Thông tư 78/2021/TT-BTC) làm căn cứ khấu trừ, hoàn thuế.

Thứ năm, xây dựng cơ chế hoàn thuế linh hoạt cho xuất khẩu qua thương mại điện tử, cho phép sử dụng chứng từ điện tử, dữ liệu giao dịch số khi bán hàng trên các nền tảng như Amazon, Alibaba.

Thứ sáu, rà soát lại hệ thống xử phạt vi phạm hành chính về thuế, phân loại mức độ vi phạm, áp dụng cơ chế khoan hồng với sai sót nhỏ và vi phạm lần đầu, miễn phạt cho lỗi kỹ thuật dưới 50.000 đồng để khuyến khích doanh nghiệp tuân thủ tự nguyện.